Pacific Biosciences Sequencing Machine odhalen

Vysoce očekávaný nový sekvenační stroj společnosti Pacific Biosciences konečně dorazil.

Společnost tento nástroj představila účastníkům konference Setkání Pokroky v biologii a technologii genomu , nóbl událost, která se stala místem, kde se sekvenování rozproudí. S rizikovým financováním ve výši 266 milionů dolarů k dnešnímu dni a jedinečnou technologií schopnou číst jednotlivé molekuly DNA v reálném čase se společnost Pacific Biosciences od té doby nejčastěji mluví o sekvenování. se poprvé objevil ze stealth režimu na stejné konferenci v roce 2008. Společnost Pacific Biosciences byla skutečně jmenována jednou z našich TR50, top 50 nejinovativnějších společností.

Společnost také oznámila, že již prodala deset jednotek – s cenovkou 695 000 $ za kus – s řadou sekvenačních center čekajících v křídlech. (Do prvního kola zákazníků patří: Baylor College of Medicine, Broad Institute, Cold Spring Harbor Laboratory, United Genome Institute Ministerstva energetiky USA, Genome Center na Washingtonské univerzitě, Monsanto, National Cancer Institute/SAIC-Frederick , National Center for Genome Resources, Ontario Institute for Cancer Research a Stanford University.)

Právě na konferenci v roce 2008 zakladatel společnosti Stephen Turner poprvé vyslovil svůj často opakovaný požadavek na nástroj schopný sekvenovat lidský genom za pouhých 15 minut. Podle a náhled na Bio-ITWorld.com generální ředitel Hugh Martin tuto předpověď aktualizoval:

I s budoucími upgrady Martin říká, že současný stroj nebude tím, který dodá ‚15minutový genom‘, jak před dvěma lety tvrdil zakladatel PacBio Stephen Turner. Přestože se počet ZMW na SMRT buňce časem zdvojnásobí na 160 000 ZMW, PacBio bude potřebovat 1 milion, aby získal genom. Je pravděpodobně [schopný dodat] 2- nebo 3-hodinový genom. Nástroj V2 dosáhne 15minutového cíle, ale jeho vydání je naplánováno až na rok 2014.

Poznamenává to také článek Bio-IT

Martin nezobrazil náhled trasovacích dat ani neprobíral chybovost v náhledu stroje. Při plném vydání později v tomto roce však řekl, že průměrná délka čtení bude 1 000–1 250 bází, o zlomek delší než 454 nebo Sangerovo sekvenování, s 5 % čtení mezi 3–5 kb. Za experiment s cíleným sekvenováním získáte 5 % z 30 % [Poissonův limit] 80 000 [ZMW] – takže za 99 $ získáte 1 000 čtení v rozsahu 3–5 kb. Navzdory nižší propustnosti ve srovnání se špičkovými stroji druhé generace Martin poukázal na výhodu ve flexibilitě, která například umožňuje provádět diagnostické vzorky, aniž by bylo nutné čekat, dokud se dostatek vzorků nevyplatí spustit na boxu 2. generace. .

Ne na všechny to udělalo dojem. Genetik a blogger Daniel MacArthur poznamenal v a nedávný příspěvek ,

Celkově si nemůžu pomoct, ale jsem ohromen vším, co jsem od PacBio zatím viděl, zvláště ve srovnání s dramaticky přehnanými tvrzeními (15minutový genom, někdo?), kterými se společnost za posledních pár let stala notoricky známou. .

skrýt